我有自己上日本稅務局查詢了一下，做了功課。
直接說結論：
Q.交通費要不要課稅？
Q.日本工作的交通費是不是必要補助？
- 補助交通費⥤課稅
- 出差交通費⥤不課稅
不是。
交通費補助沒有法律規定一定要支付給員工，每家公司可以有自己的規定。
交通費要不要課稅
交通費津貼（交通費手当て）：
近距離的通勤交通費津貼，名目通常會叫做「交通費手当」
只要是「手当（津貼）」這個項目的報酬，為課稅項目。
但一般會有最低免稅額，超過免稅額限制才需要扣稅。
大致上來說有這樣的免稅額：
- 腳踏車及開車通勤：2km以內近通勤距離的通勤，交通費全額扣稅。
- 腳踏車及開車通勤：2km~55km通勤距離的交通費，參考下方表格對照非課稅額度。
- 腳踏車及開車通勤：單程超過55km通勤距離的交通費，超過31600円才要開始扣稅。
- 有料道路、高速公路、乘車定期券、其他交通工具：有15万円/月的免稅額。
遠距離的出差交通費（出張交通費）：
出差的交通費為「旅費交通費」，是必要支出，應該由公司全額負擔。
除非是補助津貼，不然都是不課稅項目。
交通費要不要課稅：範例
上班通勤都在京都市內，通勤的交通費⥤通勤經費，課稅
近距離的交通費津貼，2公里以下都要課稅。
市區內通勤，2公里以內金距離的交通費津貼會全額課稅，會按照國稅局的「通勤交通稅額額表」參考公里數去對照免稅額。
從大阪前往東京的出差（出張）交通費，付多少報多少⥤出差經費，不課稅
出差旅費為非課稅項目，公司不應該扣所得稅。
大阪前往東京的遠距離交通費，不看收據直接補助10000円的交通費津貼（手当て）⥤通勤經費應課稅，但沒超過課稅門檻，不課稅
因為是補助津貼，所以要課稅。
但依照距離有免稅額度可以減免，距離遠的移動可以減免的額度比較高。
非課税限度額是：超過55公里，有31600円的免稅額。
大阪到京都約是500公里有超過55公里，公司提供一筆交通費津貼（手当）才10000円沒有超過免稅額31600円，不應該被扣稅。
大阪前往東京的遠距離交通費，不看收據直接補助50000円的交通費津貼（手当て）⥤通勤經費，超過課稅門檻，要課稅
因為是補助津貼，所以要課稅。
但依照距離有免稅額度可以減免，距離遠的移動可以減免的額度比較高。
非課税限度額是：超過55公里，有31600円的免稅額。
大阪到京都約是500公里有超過55公里，公司提供一筆交通費津貼（手当）50000円超過免稅額31600円，要課稅。
京都前往神戶每日電車通勤，電車的定期票12,530円全額公司補貼⥤通勤經費應課稅，但沒超過課稅門檻，不課稅
電車定期票的課稅門檻為15万円/月，沒有超過門檻所以不課稅。
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